Hallo!
Der Hinweis steht scheinbar als Absicherung da, falls aus Versehen mal der Flixtrain in der Anzeige der Alternative vorkommt oder eine Fahrt durch Länder, wo man nicht ohne Zusatzticket losfahren könnte oder vergleichbare Dinge. Da via Frankfurt ein verkehrsüblicher Weg zu sein scheint, kannst du die Route so fahren.

Ist die Zugbindung aufgehoben, dürfen alle verkehrsüblichen Verbindungen zum Ziel genutzt werden (vorbehaltlich natürlich Züge, die nicht am DB-Tarif teilnehmen, wie z.B. Flixtrain). Eine Verbinding, die ohne eine Eingabe eines VIAs und ohne Verkehrsmitteleinschränkung erscheint, ist in jedem Fall verkehrsüblich; ob darüber hinaus auch andere Verbindungen verkehrsüblich sind, wäre im Einzelfall zu prüfen. Lange Rede, kurzer Sinn: ja, du darfst über Frankfurt fahren, da dir die Verbindung ohne Manipulation in den Suchkriterien angezeigt wird.