Was heißt hier nächster Abschnitt? Dieser Abschnitt wurde bereits Generalüberholt. Die relevante Frage ist doch: Warum wird bei einer Generalüberholung nicht zumindest alles Wartungsbedürftige auch überholt?

Weil es bei der Sanierung des besagten Tunnels sich um eine größere Maßnahme handelt, für die man vermutlich damals keinen Auftragsnehmer gefunden hat oder die damalige Sperrzeit nicht ausgereicht hat.

Man kann nur soviel machen, wie man auch Unternehmen findet, die das umsetzen können. Oftmals gehen solche Ausschreibungen von Bautätigkeiten auch ins Leere, schau mal in die Videos von Alwin Meschede.

Die Marketingaussage war und ist: Wir Reparieren alles, damit wir kein Stückelwerks-Reperatur machen. Nun haben wir das Stückelwerk. Dankeschön!

Was heißt hier nächster Abschnitt? Dieser Abschnitt wurde bereits Generalüberholt. Die relevante Frage ist doch: Warum wird bei einer Generalüberholung nicht zumindest alles Wartungsbedürftige auch überholt?

Weil es bei der Sanierung des besagten Tunnels sich um eine größere Maßnahme handelt, für die man vermutlich damals keinen Auftragsnehmer gefunden hat oder die damalige Sperrzeit nicht ausgereicht hat.

Man kann nur soviel machen, wie man auch Unternehmen findet, die das umsetzen können. Oftmals gehen solche Ausschreibungen von Bautätigkeiten auch ins Leere

..gab es, bei eher kleineren Projekten durchaus, gewiss.
Bei Projekten vergleichbar dieser Art (bzgl. Strecke als auch Baubeschreibung, Sanierung des Tunnels) eher weniger bis gar nicht.
Zudem ist bei der aktuellen Flaute am Bau in diesen Jahren die Bauwirtschaft an sich glücklich über jeden Auftrag. Bei der Bahn hat sie aber eh eine Perspektive - hier gibt es einen langen Vorlauf.

Es wurde ja bereits aus dem Wikipedia-Artikel der SFS Hannover-Würzburg zitiert.

In dem Artikel zum Rauhebergtunnel ist ein wenig mehr zu lesen:

Bei einer Routeinspektion wurden 2007 im Bereich des Übergangs vom Muschelkalk zum Buntsandstein erstmals kleine Risse in der Innenschale dokumentiert. Bei Arbeiten zur Spülung der Entwässerung fielen im April 2011 deutlich ausgeprägtere Risse auf, die im selben Monat ausgeführt wurden. Die Standsicherheit im Schadensbereich wurde durch Ertüchtigungsmaßnahmen wiederhergestellt.[1][9] Die Risse dehnten sich in den folgenden Jahren weiter aus.[9]

Nachdem es Ende August 2011 zu einem Wassereinbruch gekommen war, wurde der Tunnel zunächst gesperrt. Vom 1. November bis 20. Dezember 2011 sollte eine Sanierung laufen (Stand: Oktober 2011). Aufgrund der damit verbundenen Kapazitätsbeschränkungen sollten zwei IC-Linien in diesem Bereich über die Bestandsstrecke umgeleitet werden.[10] Die Sicherungsmaßnahmen umfassten 1300 Ankerungen sowie Kernbohrungen zur Bergwasserentlastung und Drainage im Bereich der Tunnelseitenwand (Ulme).[9]

Im Jahr 2013 wurde eine automatisierte messtechnische Überwachung im Schadensbereich durch automatisierte Tachymeter und Ankerkraftmessungen ergänzt. Daneben erfolgten Entlastungsbohrungen und -leitungen durch Gewölbe und Sohle.[1]

[...]

In die Sanierung des Streckenabschnitts Kassel–Göttingen, zwischen dem 23. April 2021 bis 16. Juli 2021, war auch der Tunnel einbezogen. Die Sanierung im Tunnelbereich fiel der DB Bahnbau Gruppe zu.[12] Im Vorfeld dazu wurden geologische Erkundungsbohrungen ausgeschrieben.[13] Die Erkundungen waren zwischen km 115,9 und km 116,4 vorgesehen.[1]

Da die Rissbildung im problematischen Abschnitt des Tunnels trotz der Sanierung im Jahr 2021 weiter voranschreitet, wird voraussichtlich im Jahr 2024 eine erneute hinhaltende Ertüchtigung notwendig werden, bevor der Abschnitt in den 2030er Jahren grundhaft erneuert werden soll.[14] Im November 2022 beantragte die Deutsche Bahn eine erste Teilerneuerung des Tunnels, die in den Jahren 2023 und 2024 durchgeführt werden soll. Dafür ist eine voraussichtlich 82-tägige Totalsperrung im Abschnitt zwischen Jühnde und Kattenbühl erforderlich. In einer zweiten Baustufe soll ab 2033 eine weitere Teilerneuerung folgen.[9]

https://de.wikipedia.org/wiki/Rauhebergtunnel#Betrieb

Diese weiteren Sätze sollten die Frage hinreichend beantworten, wieso über die zurückliegende Sanierung der Strecke hinaus weiter Arbeiten vonnöten sind.
In zehn Jahren sind also weitere Arbeiten an diesem Tunnel vorgesehen.

Diese Thematik an sich ist also eher losgelöst von der Grundsanierung der kompletten SFS zu betrachten.

Gewiss bedauerlich, kommt vor, muss angegangen werden.

Vergleichbare Fälle könnte es durchaus bei den zahlreichen anstehenden Generalsanierungen der nächsten Jahre ebenso geben, wenngleich es unwahrscheinlicher erscheint, da weniger Kunstbauten betroffen sind.