Die VVT-Suche gibt keine Preise für die Züge aus, sondern nur für die direkte Buslinie 960x von Lienz nach Innsbruck, die ich aber nicht nutzen möchte. Gelten die VVT-Tarife also gar nicht erst in den Zügen im Tarifkorridor?

Doch, der gilt. Der gilt auch via Garmisch ins Außerfern. Es müssen aber Start- und Zielpunkt in Nordtirol und Osttirol liegen.

Die ÖBB kann durchgehend hier Tickets verkaufen. Wenn du suchst Ljubljana-München via Brunico/Bruneck bekomme ich durch die ÖBB den Preis von 55,60€ angeboten (Sparschiene 9,70€ Ljubljana-Lienz + Standard Ticket GünTar Italien 18,70€ Lienz-Franzensfeste +Sparschiene 27,70€ Franzensfeste-München im EC), billiger bekommst due es wenn du bis Innichen mit der Sparschiene fährst (9,70€, weil die Kontingente für Ljubljana-Villach für alle Ziele in Kärnten + Osttirol bis Innichen gelten), Einzelticket Südtirolmobil (online kaufbar über SüdtirolMobil App oder Trenitalia) Innichen-Franzensfeste 10€ oder wenn du über die ÖBB durchgehend buchst (Innichen-München) 9,60€ GünTar und ÖBB Sparschiene oder DB Supersparpreis nach München ab Franzensfeste derzeit 27,70€ ÖBB und 49,90€ über die DB.
Die DB kann Supersparpreise Innichen-München verkaufen, aber da wird EC Sparpreis + Nahverkehrpreis addiert.