Auf deinen Hinweis hin war ich jetzt bei oebb.at.
Da kann ich Bonn-Venedig durchgehend buchen.

Das freut mich.

Du sagst, ich bekomme trotzdem 2 Fahrkarten, eine für den nightjet, eine für den Zubringer.
Ist der Anschluss in Stuttgart denn "garantiert", kann ich bei Anschlussverlust also andere Züge nutzen und Fahrgastrechte in Anspruch nehmen?

Fahrgastrechtlich sind die beiden Fahrten als zwei getrennte Beförderungsverträge zu sehen.

Es gibt allerdings eine Kulanzvereinbarung zwischen DB und ÖBB, die im Falle eines Anschlussverlusts die Gewährung der kostenfreien Weiterreise (ohne Zusatzfahrkarte) mit DB- und ÖBB-Zügen und einer ggf. erforderlichen Übernachtung im Hotel vorsieht. Die Ausgabe von Hotelgutscheinen erfolgt durch die DB Information.

Für vorgestreckte Hotelübernachtungen, Taxifahrten oder Zusatzfahrkarten, die aufgrund des Anschlussverlustes in Stuttgart erforderlich werden, gibt es im Nachgang keinen Kostenersatz.

Diese Regelung gilt für über DB oder ÖBB in einem Auftrag ausgegebene Fahrkartensammlungen gleichermaßen. Werden die Fahrkarten nicht im selben Auftrag ausgegeben, sondern bei den Bahnen getrennt gebucht, gilt die Kulanzvereinbarung formal nicht.

Sonst wäre ein Supersparpreis als Zubringer natürlich günstiger.

Und: sind dieÖBB-anschlusstickets zuggebunden?

Nein.
Flexibilität würde Dir in diesem Fall aber nichts bringen. Wenn Du davon ausgehen musst, den Nightjet in Stuttgart zu verpassen, ist die Zugbindung für den Super Sparpreis aufgehoben. Idealerweise fährst Du dann auf schnellstem Weg direkt nach München und versuchst den Zug dort zu erreichen.