In den internationalen Beförderungsbedingungen der Bahn steht, dass die Zugbindung bei (Super)Sparpreis Europa Tickets grundsätzlich nur innerhalb Deutschlands gilt. Wenn es von dieser Regelung eine Abweichung gibt, muss diese in den Sonderbestimmungen des jeweiligens Landes aufgeführt sein. Für die Schweiz steht dort beispielsweise, dass die Zugbindung abweichend von der oben genannten Regelung auch in der Schweiz gilt. Für Österreich gibt es in den internationalen Beförderungsbedingungen dafür aber keine Ausnahmen, also gilt in Österreich keine Zugbindung.

Das ist alles richtig, aber versuch das mal mit einem ÖBB-Zugbegleiter auszudiskutieren.

Es ist jedenfalls noch nicht lange der Fall, dass in den Wegetexten Zugbindungen auch für den ÖBB-Anteil abgedruckt werden.

Das scheint mir einfach ein technischer Fehler bei der Ausstellung der Fahrkarte zu sein.

Nein, das ist kein technischer Fehler.
Die DB hat es halt versäumt, die Änderungen in den Beförderungsbedingungen aufzunehmen.

Scheint ja tatsächlich schwieriger zu sein, als gedacht.

Nein, in Wels hatte ich nie einen Umstieg. Allerdings gab es in den konkreten Beispielen oben tatsächlich einen Unterschied:

Beim zuggebundenen Fahrschein gab es einen Umstieg in Neumarkt-Kallham (NV-Anteil zw. Passau und Linz), beim Beispiel ohne Zugbindung war es ein direkter Regionalzug zwischen Linz und Passau. Ich kann morgen am PC gerne mal den genauen Verbindungsvorschlag der Bahn mit anhängen.

Als Regel taugt das aber nicht, ich habe auf die Schnelle unter meinen anderen FK auch welche mit Direktzug Linz-PA und RJ im Wegetext gefunden. Auch die Fahrtrichtung scheint zumindest keinen fixen Einfluss zu haben.