Im Fernverkehr sind die Bauarbeiten eigentlich immer mit sehr langer Vorlaufzeit eingepflegt, im Regionalverkehr sollten prinzipiell auch alle Bauarbeiten drinstehen, dann aber teilweise nur mit einer Vorlaufzeit von einigen Wochen. Insbesondere bei Privatbahnen ist die Frage, ob da die Bauinformationen immer zeitig an das EFZ weitergeleitet werden.

Sind alle Bauarbeiten auf den Zuglaufplänen eingetragen?

Nein, denn: s.u.

Auf meiner Pendlerstrecke F-WÜ per Regionalexpress steht unten bei "Verkehrstage" zur Zeit der Hinweis auf Bauarbeiten
( Beispiel http://reiseauskunft.bahn.de/bin/traininfo.exe/dn/190527/186296/671928/272456/80?ld=961... )

Oder muss ich für alle Gebiete die ich durchfahren werde auf bauarbeiten.bahn.de umständlich schauen, ob ich mit Behinderungen zu rechnen habe?

Auf deiner Pendlerstrecke bleiben bei den ICE während der Bauarbeiten beispielsweise die Fahrzeiten unverändert, obwohl sie via Darmstadt umgeleitet werden.
Deshalb ist es immer ratsam, auf bauarbeiten.bahn.de nachzusehen.