Der Nahverkehr wird ja vom jeweiligen Bundesland bestellt, bezieht sich dass auch auf die Kontrollen? Wenn ja gehe ich davon aus, dass hier wohl für eine Anzahl von Kontrollen bezahlt wird und der Betreiber des Nahverkehrs, wird die Kontrollen dann selbst Aufteilen kann. Oder werden die Kontrollen vom Verkehrsverbund oder gar selbst nur von dem Betreiber "bestellt"?

Richtig, im Rahmen der Ausschreibung werden vom Besteller auch Begleitquoten vorgeschrieben welcher dieser dann Umsetzen muss.
In sehr vielen (vor allem älteren Verträgen) gab es entweder gar keine Vorgabe oder nur eine sehr geringe (25% Begleitquote ist ein sehr weit verbreiteter Wert). Viele Besteller haben diesen Misstand erkannt und schreiben neue Verträge oft mit 100% Begleitquote oder gar noch höher (z. B. 150% Begleitquote, sprich viele Züge sind mit mind. 2 Zugbegleitern besetzt) aus.

Wie die 25% Begleitquote jedoch umgesetzt werden ist Sache des EVU und da kann es viele verschiedene Varianten geben.
Z. B. nur auf jeden 4 Zug ist ein Zugbegleiter oder der Zug fährt von A über B nach C, zwischen A und B gibt es eine Begleitquote von 100% (weil dies eventuell aus betrieblichen Gründen notwendig ist) und zwischen B und C so gut wie nie ein Zugbegleiter. Die 25% wurden jedoch trotzdem erfüllt, da im Durchschnitt 25% der gefahrenen Zugkilometer begleitet wurden.

Um genaueres zu deiner Strecke herauszufinden, müsstest du dir die Ausschreibungen der Strecke z. B. im TED anschauen, dort ist es eventuell vermerkt wie hoch die Begleitquote sein muss.

Viele Grüße

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Es gibt Menschen, die geizen mit ihrem Verstand wie andere mit ihrem Geld. (Wilhelm Busch)

In Baden-Württemberg gibt es (war hier schon irgendwann mal am Rande Thema) einen großen Altvertrag mit niedriger Begleitquote.
Im Geltungsbereich dieses Vertrages gibt es einige Strecken, auf denen aus Sicherheitsgründen (Steilstreckenvorschrift auf der Höllentalbahn), aus technischen Gründen (Bedarfshalte bei 628er-Doppeltraktionen) oder weil das Fahrzeugmaterial keine Abfertigung allein durch den Triebfahrzeugführer zulässt, alle Züge mit Zugbegleiter besetzt werden müssen. Das sind leider so viele Züge, dass die landesweite Begleitquote damit fast schon erfüllt wird und auf den anderen Strecken kaum noch Zugbegleiter unterwegs sind. Allerdings hat die DB dies in letzter Zeit erkannt, was der du auch schreibst bzgl. Einladung zum Schwarzfahren, und setzt auf einigen Strecken freiwillig mehr Personal ein, um Schwarzfahrer zu vermeiden. In den nächsten Jahren gehen in BaWü übrigens sehr großflächig neue Verkehrsverträge an den Start, die haben dann auch höhere Begleitquoten vorgesehen (siehe auch was Alexander schreibt).