Wenn es auf der Reise wirklich völlig aus dem Ruder läuft und sehr hohe Verspätungen in Kombination mit Hotelübernachtung etc. erlebt werden und man dann zusätzlich beim bahn.comfort-Service "nervt", kann sowas passieren!

--> Völlig aus dem Ruder
--> in Kombination mit Hotelübernachtung
--> bahn.comfort-Kunden
--> Penetranz

Das war die Ausnahme.

Na, dann war es aber nicht freiwillig, sondern aufgrund eines - natürlich zu Recht - nervenden Kunden. Hier im geschilderten Fall tritt die Bahn aber direkt an den Kunden heran und bietet an, das Geld zu erstatten - sofern man die Tickets noch hat.

Genau.

Interessant ist aber diese Aussage aus dem Link der SBB, nachdem die SBB ihr "Waterloo" mit den Cisalpinos haben:
"Die SBB hat zudem beschlossen, in der Schweiz jeweils konventionelle Züge in der Fahrplanlage der Cisalpino-Züge einzusetzen, sobald ein ETR 470 mehr als zehn Minuten Verspätung aufweist"

Scheint die SBB genügend Reservezüge zu haben, dass sie bereits bei > +10 für Ersatz sorgen kann?
Wie sah hingegen das Krisenmanagement bei der Bahn AG bei den Achsenprobleme der ICE3s aus?

Ergänzend:
Als ich einmal mit dem TGV-Pos verspätet aus Paris in Basel SBB eintrudelte (irgendwas um die +20 bis max. +25) stand auf der Treppe eine Dame, die jedem Fahrgast einen Freiumschlag(?) in die Hand drückte. Man hätte sofort seine Fahrkarte einreichen können. Ob man hier bereits Geld zurückbekommen hätte?

Da bist du ja auch gar nicht gefahren. Die CIS-Fahrgäste wurden aber tatsächlich, wenn auch stark verspätet, von A nach B gefahren und haben den gesamten Fahrpreis erstattet bekommen.