Wo und mit welchen Unterlagen reiche ich denn Fahrgastrechtsanträge für das Deutschlandticket korrekt ein?

Hier hielte ich es für sinnvoll das Beschwerdeformular beim EBA auszufüllen. Das EBA wird Deine Eingabe dann erstmal ans SC FGR abgeben.

Du wirst nicht nachweisen können, dass die Beschwerde beim SC FGR bzw. bei Agilis eingegangen ist, aber selbst wenn die darauf abstellen, dass sie nichts erhalten hätten, müssten sie ja zumindest ab der Übermittlung der Eingabe innerhalb eines Monats den Antrag bearbeiten.

Das wichtigste ist aber, dass die Verjährung damit erstmal aufgehalten ist. Lehnt das SC FGR dann ab und schließt das EBA den Fall ohne zu helfen, laufen die Fristen ab diesem Zeitpunkt neu an, d.h. Du kannst bequem anmahnen und den Klageweg gehen.

Wo und mit welchen Unterlagen reiche ich denn Fahrgastrechtsanträge für das Deutschlandticket korrekt ein?

Grundsätzlich:

Der von den Beförderern vorgesehene Weg ist das Formular ans SC FGR (sofern der da mitmacht).
Dein Anspruchsgegner ist allerdings nicht die DB Dialog, sondern der Beförderer, d.h. in Deinem Fall die agilis Eisenbahngesellschaft mbH & Co. KG (macht mit beim SC FGR).

Ein weiterer und wahrscheinlich auch rechtssicherer Weg ist daher die formlose Zahlungsaufforderung (mit Belegen) direkt an den Beförderer, der es dann zur Bearbeitung ans SC FGR weiterleiten wird.

Das ist hier erklärt:
https://www.drboese.de/blog/ag-frankfurt-warum-sie-fahrgastrechte-nicht-beim-keinservic...

Erfolgt keine Reaktion, sollte man den Zugang beweisen können. Ein geeigneter Weg wäre da die E-Mail mit einem guten Freund im bCC, der den Zugang ggf. vor Gericht bezeugen kann.

Nach einem Monat mahnt man den Betrag an. Nach Verstreichen der Mahnfrist geht man dann ins Mahnverfahren oder klagt.

In Deinem Fall bleibt aber nicht mehr genug Zeit, um mit dieser Prozedur (Zahlungsaufforderung und Mahnung) noch vor der Verjährung ins Mahnverfahren zu kommen. Ich würde daher den Weg übers EBA gehen oder beides parallel machen.