Erstens bekommt man keinen Hinweis auf den FGR-Ausschluss beim Kauf

Warum auch? Wo die Fahrgastrechte gelten, definieren die für Schiene, Straße und Luft geltenden Verordnungen doch selber. Eine Informationspflicht auf Bereiche, wo die 2021/782 explizit nicht anwendbar ist, wäre mir nicht bekannt, in Anhang II Teil I ist dazu nichts genannt.

sondern gar einen Hinweis auf durchgehende Fahrkarte

Digitale Tickets im D- und DB-Tarif beinhalten die Formulierung "Es handelt sich bei dieser Fahrkarte um eine Durchgangsfahrkarte gemäß Europäischer Fahrgastrechte-Verordnung für den Eisenbahnverkehr." und im Buchungsprozess den Hinweis zur Vertragspartnerregelung, wo es heißt "Berechtigt die Fahrkarte neben der Eisenbahn auch zur Nutzung anderer Verkehrsträger (Schiff, Bus, U-Bahn etc.), so kommt mit jedem Verkehrsträger ein separater Beförderungsvertrag zustande."

Daraus zu schlussfolgern, dass die Fahrgastrechte des Eisenbahnverkehrs auf andere Verkehrsmittel ausgeweitet werden, halte ich nicht für eingängig. Diese Situation bestand ja auch schon sehr lange mit City mobil (bei digitalen Tickets in einem gemeinsamen Dokument der Eisenbahnfahrkarte abgebildet gewesen) und besteht noch immer mit dem City-Ticket. Dort gelten regelmäßig die Fahrgastrechte des Schienenverkehrs ebenso nur auf der Schiene. Aber das wäre im Zweifel gerichtlich auszulegen. Der sich mit Durchgangsfahrkarten befassende Artikel 12 bezieht sich jedenfalls konsequent auf Schienenpersonenverkehrsdienste von Eisenbahnverkehrsunternehmen.

außerdem könnte man relativ einfach einen Anspruch aus dem allgemeinen Vertragsrecht konstruieren, wenn die FGR-VO nicht anwendbar ist. Die Durchsetzung dürfte aber ohne guten Anwalt schwierig sein.

Die Frage wird sein: Welchen Anspruch?

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"Diese Preise sorgen dafür, daß die Bahn an anderer Stelle immer mehr rationalisieren und einsparen wird. Nicht oben in den Höhenluftbüros, nein, unten an der Basis auf dem Bahnsteig oder im Zug. Am Fahrkartenschalter. Bei den Ansagen." ~ Alibizugpaar