Strecke war Bremen Chemnitz .
Meine Wahl fiel auf ICE von Bremen nach Leipzig und eine entsprechende Verbindung wurde über Fulda angezeigt mit Preisangabe, was zweifelsohne nicht die kürzeste Strecke ist. Als ich dieselbe Teilstrecke dann nach Chemnitz dem eigentlichen Zielort ansah, gab es plötzlich keine Preisangabe mehr - merkwürdig. Die Frage ist, wenn ich nun diesen Umweg fahre, der ja als reguläre Verbindung vorgeschlagen wird, bin ich da auf der sicheren Seite oder muss ich mit längeren ZUB-Diskussionen rechnen?

Du darfst Deine Reise bei Vorliegen einer ICE- oder IC/EC-Fahrkarte mit geänderter Streckenführung bis zum Zielbahnhof fortsetzen.
Die geänderte Streckenführung ist im Tarif nicht näher bestimmt. Als Anhaltspunkt angesichts der in der EG-VO 1371/2007 in diesem Zusammenhang geforderten "vergleichbaren Beförderungsbedingungen" mag der von Dir gewählte Versuch, über die Reiseauskunft die Online-Bepreisbarkeit zu ermitteln, nützlich sein. Die Preisberechnung wird (Stand: 2015) beim Überschreiten eines bestimmten Umwegfaktors abgebrochen (-->keine Preisauskunft möglich) Für FV-Relationen lag er bei rund 1,156, für NV-Relationen bei 1,4.
Für das präsentierte Beispiel führt das jedoch nicht weiter.
Bremen Hbf - Burgstädt ist bei Deiner Wahl bepreisbar.