Wenn ich mir dort nun also eine Fahrkarte kaufe, könnte ich dann ab Würzburg auf FGR-Grundlage einen anderen Zug Richtung Aschaffenburg nehmen, der dort dann auch wirklich hält?

Sicher. Gegebenenfalls musst du jedoch für die abweichende Strecke zunächst ein Ticket lösen und anschließend bei České dráhy zur Erstattung einreichen.
Das entsprechende Formular findest du: hier.

1. Tickets der CD haben nur Zugbindung im grenzüberschreitenden Zug - d.h. im Eilzug Cheb-Nürnberg, nicht aber im ICE Nürnberg-Aschaffenburg

2. Gemäß Fahrgastrechteverordnung dürfte sich der Fahrgast hinsichtlich Entschädigungen auch an das befördernde EVU wenden - d.h. DB Fernverkehr AG

3. Bei zu erwartenden Verspätungen von +60 und mehr greift die Fahrgastrechteverordnung - und die enthält keinen Passus, dass der Fahrgast Vorkasse leisten müsste

Wenn ich mir dort nun also eine Fahrkarte kaufe, könnte ich dann ab Würzburg auf FGR-Grundlage einen anderen Zug Richtung Aschaffenburg nehmen, der dort dann auch wirklich hält?

Sicher. Gegebenenfalls musst du jedoch für die abweichende Strecke zunächst ein Ticket lösen und anschließend bei České dráhy zur Erstattung einreichen.
Das entsprechende Formular findest du: hier.

ich habe eine kleine Frage bezüglich der Fahrgastrechte:
Am 23.04. werden die ICE-Züge zwischen Würzburg und Frankfurt umgeleitet und halten nicht in Aschaffenburg, in der Reiseauskunft der DB ist das auch schon so hinterlegt.

Im eShop der CD werden jedoch weiterhin Fahrkarten für diese Züge bis Aschaffenburg verkauft, obwohl sie dort gar nicht halten.

Wenn ich mir dort nun also eine Fahrkarte kaufe, könnte ich dann ab Würzburg auf FGR-Grundlage einen anderen Zug Richtung Aschaffenburg nehmen, der dort dann auch wirklich hält?